La présence humaine remonte à la Préhistoire. Les Roches Fayettes, des blocs de porphyre rouge, présentent des cavités creusées à main d’hommes et ont sans doute servies de lieu de culte aux populations primitives. Au Moyen Âge, la paroisse dépendait de la châtellenie de Chamelet et des sires de Beaujeu avant d’être cédée aux barons d’Amplepuis (XVe siècle). Pendant la Guerre de Cent ans, les pillards et la peste feront des ravages. Durant la Révolution, les habitants de Saint Just d’Avray seront appelés les « Chouettes » par comparaison aux Chouans vendéens.